თბილისის საქალაქო სასამართლომ სრულად გაიზიარა პროკურატურის მიერ წარდგენილი მტკიცებულებები და სანდრო გირგვლიანის საქმეზე მსჯავრდებული პირების შეწყალებისას სამსახურებრივი უფლებამოსილების ბოროტად გამოყენების ფაქტზე დამნაშავედ სცნო და გამამტყუნებელი განაჩენი გამოიტანა საქართველოს ყოფილი პრეზიდენტის მიხეილ სააკაშვილის მიმართ, საქართველოს სისხლის სამართლის კოდექსის 332-ე მუხლის მეორე ნაწილით. სასამართლოს განაჩენით მსჯავრდებულ მიხეილ სააკაშვილს სასჯელის ზომად, „ამნისტიის შესახებ" საქართველოს კანონის გამოყენებით განესაზღვრა სამი წლის ვადით თავისუფლების აღკვეთა, მასვე დამატებითი სასჯელის სახით თანამდებობის დაკავების უფლება ერთი წლითა და ხუთი თვის ვადით ჩამოერთვა. (გაგრძელება იხილეთ ქვემოთ)

ალექსანდრე გირგვლიანის საქმეზე ახალი გარემოებების გამორკვევა და მიხეილ სააკაშვილისთვის ბრალდების გამოტანა მოხდა საქართველოს პროკურატურის მიერ ჩატარებული განახლებული გამოძიების ფარგლებში, რომელსაც სტრასბურგის სასამართლოს გადაწყვეტილების აღსრულების პროცესში ზედამხედველობას უწევდა ევროსაბჭოს მინისტრთა კომიტეტი სტრასბურგის ადამიანის უფლებათა ევროპული სასამართლოს მიერ მიღებული გადაწყვეტილების საფუძველზე, რომელმაც განმარტა შემდეგი: „სასამართლო გაოგნებულია იმ ფაქტით, რომ სახელმწიფო ხელისუფლების სხვადასხვა განშტოებები - შსს, გამოძიების საწყის სტადიაზე დაშვებული დარღვევებით; პროკურატურა, გამოძიების შემდგომ ეტაპზე დაშვებული სხვა დარღვევებით; სასჯელაღსრულების დეპარტამენტი, მსჯავრდებულების ერთ საკანში უკანონოდ მოთავსებით; შიდა სასამართლოები, არასრულფასოვანი სასამართლო განხილვებითა და მსჯავრდებულების ვადაზე ადრე გათავისუფლებით; საქართველოს პრეზიდენტი, მსჯავრდებულების მიმართ გაუმართლებელი ლმობიერების გამოვლენით, და ა.შ. - ყველა ერთად, ხმაშეწყობილად მოქმედებდა იმ მიზნისთვის, რომ ამ შემზარავი მკვლელობის საქმეზე როგორმე არ განხორციელებულიყო მართლმსაჯულება."
სასამართლოში წარდგენილი მტკიცებულებებით უტყუარად დადასტურდა, რომ  2006 წლის 27 იანვარს,  ქ.თბილისში,  კაფე-ბარ ,,შარდენბარში" ალექსანდრე გირგვლიანს სიტყვიერი შელაპარაკება მოუხდა შინაგან საქმეთა მინისტრის ივანე მერაბიშვილის მეუღლის  და კონსტიტუციური უსაფრთხოების დეპარტამენტის უფროსის დავით ახალაიას სუფრის წევრ თათია მაისურაძესთან, რის გამოც დავით ახალაიას დავალებით, ადგილზე გამოძახებულმა კონსტიტუციური უსაფრთხოების დეპარტამენტის თანამშრომლებმა  ალექსანდრე გირგვლიანი და მისი მეგობარი ძალის გამოყენებით ჩასვეს ავტომანქანაში, უკანონოდ აღუკვეთეს თავისუფლება და გაიტაცეს ქალაქგარეთ, ოქროყანის სასაფლაოზე.
გამტაცებლებმა ალექსანდრე გირგვლიანი და მისი მეგობარი გააშიშვლეს ძლიერ ყინვაში და სასტიკად სცემეს. ნაწამები ალექსანდრე გირგვლიანის გვამი აღმოჩენილი იქნა ოქროყანის სასაფლაოს მიმდებარე ტერიტორიაზე.
საქმეში არსებული მტკიცებულებების მიხედვით დადგენილია, რომ მომხდარი დანაშაულისა და დანაშაულში მონაწილე პირების შესახებ პირველივე დღეებიდან იყო ინფორმირებული საქართველოს პრეზიდენტი მიხეილ სააკაშვილი, რომელსაც გაცნობიერებული ჰქონდა, რომ  დანაშაულში დავით ახალაიას ორგანიზატორობის, შინაგან საქმეთა სამინისტროს მაღალი თანამდებობის პირების მონაწილეობის და შინაგან საქმეთა მინისტრის მეუღლის დანაშაულთან შემხებლობის გამჟღავნება უარყოფითად აისახებოდა ხელისუფლების რეიტინგსა და ავტორიტეტზე, გაიზრდებოდა საზოგადოების უკმაყოფილება ხელისუფლებისადმი და გარდაუვლად დადგებოდა მასთან დაახლოებული პირების, შინაგან საქმეთა მინისტრის ივანე მერაბიშვილის და კონსტიტუციური უსაფრთხოების დეპარტამენტის უფროსის დავით ახალაიას პოლიტიკური და სისხლისსამართლებრივი პასუხისმგებლობის საკითხი.
აღნიშნული საფრთხეების თავიდან ასაცილებლად, საქართველოს პრეზიდენტის მიხეილ სააკაშვილის თანხმობითა და მისგან უპირობო მხარდაჭერის გარანტიების მიღების შემდეგ, შინაგან საქმეთა მინისტრის ივანე მერაბიშვილის, საქართველოს სასჯელაღსრულების დეპარტამენტის უფროსის ბაჩანა ახალაიას და მისი ძმის კონსტიტუციური უსაფრთხოების დეპარტამენტის უფროსის დავით ახალაიას მიერ, ურთიერთშეთანხმებულად დაიგეგმა და მათზედ დაქვემდებარებული სახელმწიფო უწყებების გამოყენებით განხორციელდა  დანაშაულებრივი ქმედებები ალექსანდრე გირგვლიანის მიმართ ჩადენილი დანაშაულის დასაფარად, სისხლის სამართლის საქმის ფალსიფიკაციის და საზოგადოების შეცდომაში შესაყვანად.
კერძოდ, ივანე მერაბიშვილი, რომელმაც დადასტურებულად იცოდა, რომ დანაშაულში იმხილებოდნენ შინაგან საქმეთა სამინისტროს მაღალი რანგის თანამშრომლები, საქმესთან შემხებლობა ჰქონდა მის მეუღლეს და დანაშაულის ორგანიზატორი იყო დავით ახალაია, ვალდებული იყო უზრუნველეყო დამოუკიდებელი და მიუკერძოებელი გამოძიება, მაგრამ მიუხედავად ამისა, მან საქმის გამოძიების ხელმძღვანელობა დაავალა თავად დანაშაულის ორგანიზატორს დავით ახალაიას.
შესაბამისად, გამოძიებას მიკერძოებულად აწარმოებდნენ ივანე მერაბიშვილის უწყების გამომძიებლები, რომლებიც სამსახურებრივად დაკავშირებული იყვნენ საქმეში მონაწილე შინაგან საქმეთა სამინისტროს მაღალი თანამდებობის პირებთან და დამოკიდებულნი იყვნენ იმ პირებზე, ვინც პირადი მიზნებით დაინტერესებული იყვნენ საქმის არასათანადო გამოძიების შედეგით. აღნიშნულის გამო არ იქნა უზრუნველყოფილი საქმეზე ობიექტური გამოძიების ჩატარება.